כיום, השימוש במי חמצן מתחלק לשלושה סוגים: רפואי, צבאי ותעשייתי. חיטוי יומי הוא מי חמצן רפואי. מי חמצן רפואי יכול להרוג פתוגנים במעיים, קוקוסים פיוגניים ושמרים פתוגניים. הוא משמש בדרך כלל לחיטוי משטח של חפצים. למי חמצן יש אפקט מחמצן, אבל הריכוז של מי חמצן רפואי שווה או נמוך מ-3 אחוזים. במידה ומנגבים אותו על פני הפצע, תהיה תחושת צריבה, המשטח יתחמצן ללבן ויופיעו בועות. משחזר את הגוון המקורי.
בתעשייה הכימית הוא משמש כחומר גלם לייצור נתרן פרבוראט, נתרן פרקרבונט, חומצה פראצטית, נתרן כלוריט, תיאוריאה פרוקסיד ועוד, ומחמצן לחומצה טרטרית, ויטמינים ועוד. בתעשיית התרופות, הוא משמש כקוטל פטריות, חיטוי וחמצון בייצור קוטלי חרקים של Fomex וחומרים אנטיבקטריאליים של 40 ליטר. בתעשיית הדפוס והצביעה הוא משמש כחומר הלבנה לבדי כותנה, מפחית את צבע השיער לאחר צביעה בצבעים. הסרת ברזל ומתכות כבדות אחרות בעת שימוש בייצור מלחי מתכות או תרכובות אחרות. הוא משמש גם בתמיסות של ציפוי אלקטרוני להסרת זיהומים אנאורגניים ולשיפור איכות החלקים המצופים. משמש גם להלבנת צמר, משי גולמי, שנהב, עיסת, שומן וכו'. ניתן להשתמש בריכוזים גבוהים של מי חמצן כממריץ בעירה-רקטי.
אזרחי: כדי להתמודד עם ריח הביוב של המטבח, גשו לבית המרקחת לקנות מי חמצן, הוסיפו מים, הוסיפו אבקת כביסה ושפכו אותה לביוב לטיהור, חיטוי ועיקור;
ניתן להשתמש ב-3 אחוז מי חמצן (דרגה רפואית) לחיטוי פצעים;